使用微生物肥料旨在改善土壤營(yíng)養(yǎng)狀況，增加植物營(yíng)養(yǎng)元素供應(yīng)，產(chǎn)生植物激素促進(jìn)植物生長(zhǎng)和減輕植物病害等。概括起來主要有5個(gè)方面的作用：
（1）增加土壤肥力。肥料中的固氮菌可以增加土壤中的氮元素的含量，硅酸鹽類微生物可以將土壤中難溶態(tài)的磷、鉀降解成可被農(nóng)作物吸收利用的狀態(tài)，從而改善作物生產(chǎn)時(shí)土壤環(huán)境中營(yíng)養(yǎng)元素的供應(yīng)狀況，同時(shí)增加土壤有機(jī)質(zhì)含量，提高土壤肥力。
（2）產(chǎn)生植物激素促進(jìn)植物生產(chǎn)。許多微生物能夠產(chǎn)生植物激素，如生長(zhǎng)素、吲哚乙酸、赤霉素等，可以刺激和調(diào)節(jié)作物的生長(zhǎng)，使植物生長(zhǎng)健壯，營(yíng)養(yǎng)狀況得到改善。
（3）對(duì)有害微生物的生物防治。一方面微生物肥料中含有某一類拮抗菌，可以抑制病原菌的生長(zhǎng)；另一方面，接種的微生物在根際大量生長(zhǎng)繁殖，作為優(yōu)勢(shì)菌限制其他病原微生物的繁殖機(jī)會(huì)，從而起到減輕植物病害的作用。
（4）協(xié)助植物吸收營(yíng)養(yǎng)。VA菌根是一種土壤真菌，可以與多種植物根共生，其菌絲能夠伸出根部很遠(yuǎn)，可以吸收更多的營(yíng)養(yǎng)供給植物吸收利用，其中對(duì)磷的吸收最為明顯，另外，對(duì)鋅、銅、鈣等也有加強(qiáng)吸收的作用。
（5）減少化肥施用量，降低成本。使用微生物肥料能夠適量減少化肥的用量，另外生物無肥料所消耗的能源要少，成本更低，有利于生態(tài)環(huán)境保護(hù)。
